Každoročně řešíme řadu interních projektů v rámci interní grantové soutěže, které zabezpečují rozvoj vědecko-výzkumných činností ÚZEI jako výzkumné organizace v souladu s mezinárodními trendy, aktuálními tématy a požadavky praxe i Ministerstva zemědělství, což vede mimo jiné k implementaci nových témat, která jsou posléze využita v rámci tematických úkolů zpracovávaných pro Ministerstvo zemědělství. Touto aktivitou se také prohlubuje znalostní báze zaměstnanců a odráží se v publikační činnosti. 

Interní projekty jsou rozděleny do tří kategorií – interní výzkumné projekty (IVP), interní vývojové projekty (IDP) a interní podpůrné projekty (IPP). 

Interní výzkumné projekty (IVP)

V tomto typu projektů autoři řeší nová a aktuální témata, usilují o zpravidla užší cíle, kladou výzkumné hypotézy a rozvíjejí teoreticko-metodologickou a metodickou bázi ÚZEI. Jejich cílem je generovat nové znalosti (pro ÚZEI, resp. v rámci ČR či s mezinárodním přesahem) a výstupy do velké míry směřují do vědecké komunity (publikace v odborných / impaktovaných periodikách).

Interní vývojové projekty (IDP)

Interní vývojové projekty nemají za cíl generovat primárně nové věcné znalosti, spíše se snaží již získané znalosti aplikovat. Jejich smyslem je, aby svými výstupy napomohly kvalitnímu plnění tematických úkolů nebo poskytování nových služeb. Doplňují tak jiné činnosti ÚZEI po metodické, modelové nebo datové stránce.

Interní podpůrné projekty (IPP)

Tyto typy projektů jsou zaměřeny na softwarovou, datovou či technicko-organizační podporu výzkumu nebo na diseminaci výzkumu. Jedná se tedy o např. projekty vyvíjející nový software či aplikaci software nebo o projekty zaměřené na věcnou přípravu a organizaci workshopů, konferencí atd.